袁应泰死了，由薛国用代为经略，薛国用因病不能干事，王化贞于是部署将领，沿河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。此议报上后，熊廷弼不以为然，上书说：“河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁。如果分兵在河上驻守，部队分散力量就弱小了，敌人用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，我军力量必然不支。一营溃败，其他各营就都会败，西平等地的防哨也不能守住。河边只适于设立游击队，轮番出入，使敌人莫知浅深，不该屯聚一处，给敌人乘隙袭击的机会。”奏章交上后，明熹宗下诏表扬了他。
恰好御史方震孺也说防河有六条不可靠的地方，王化贞的建议就此作罢了，而王化贞因为自己的计策未被采纳，把军事全推托在熊廷弼身上。熊廷弼于是请朝廷警告王化贞，不得借口有人节制，坐失战机。此前，四方援辽的军队，王化贞全改名号为“平辽”，辽人很不愉快，熊廷弼说：“辽人又没叛乱，请改为‘平东’或‘征东’，以快慰辽人的心。”从此，王化贞与熊廷弼有了矛盾，经略、巡抚不和睦的风声也就传起来了。
熊廷弼上书说：“三方面布置的战略的实施，必须联络朝鲜，请抓紧时间派钦差使臣去访问朝鲜的君臣，让他们征发八道的全部兵力，在江面上设立连营，助我军的声威。”并举荐监军副使梁之垣，说他在海滨长大，熟知朝鲜的事情，可以充任钦差使臣。明熹宗马上就同意了，并且按照行人奉使的惯例，赐给一品官以示宠信。梁之垣于是上书提出加强他们的事权、确定自己职责等八条要求，明熹宗也都同意了，梁之垣正在和有关部门商议兵饷的事，王化贞所派遣的都司毛文龙已经袭取了镇江，奏上了捷报。满朝为此大喜，立即命令登、莱、天津派出两万水师接应毛文龙，王化贞率四万广宁兵进据河上，和蒙古军一起乘机进取，由熊廷弼在中间调度，命令下达以后，经略、巡抚所辖兵镇相互观望，最终还是没有出兵。
不久，王化贞上书详述东西两边的情况说：“敌人放弃辽阳不加守备，河东失陷地区的将士日夜盼望官军开到，就抓了敌将来投降。而西部的虎墩兔、炒花都愿意以兵助我。敌人驻守海州的兵力不过两千人，河上只辽地士兵三千人而已。如果派军队悄悄过去夜袭，势在必克。南防的敌军得知辽阳失守一定北归，我军凭借险要的地势来打击他们惰归的军队，可以一举歼灭。”兵部尚书张鹤鸣认为对，上书说机不可失。御史徐卿伯又促成此事，奏请派廷弼进驻广宁，蓟辽总督王象乾移驻山海。正好王化贞又飞章上奏说：“敌人因为官军收复镇江，就驱赶、抢劫周围四卫屯民。屯民现在占据铁山死守，杀伤了敌兵三四千人，敌人把他们围困得更紧了，应该马上前往援救。”于是，兵部越发催促进兵，王化贞就在这个月里渡过河去，熊廷弼迫不得已让出山海关，驻兵右屯，而飞章上奏说海州取易守难，不该轻举妄动，王化贞终于无功而回。
王化贞平素不学习军事，轻视大敌，好说大话，文武将吏的规劝一点也听不进去，与熊廷弼尤其抵触得厉害。他妄想投降后金的李永芳会做他的内应，相信蒙古人的话，说是虎墩兔将派援兵四十万，因此想不战而获全胜。一切事务如兵马、甲仗、粮草、营垒等都放置一边不加过问，一意说大话蒙骗朝廷。尚书张鹤鸣很相信他，他有所请无不答应，因此熊廷弼无法实现自己的心愿，广宁有十四万部队，而熊廷弼的山海关上却没有一兵一卒，只是有经略这么个虚名而已。从延绥调来的部队不能作战，熊廷弼请把主帅杜文焕治罪，张鹤鸣却让宽恕了他，熊廷弼奏请任用佟卜年，张鹤鸣递上奏章反对。熊廷弼奏请派遣梁之垣去朝鲜，张鹤鸣故意扣发他的饷银，于是两人之间相互怨恨，事事争吵，熊廷弼这个人也器量狭小，刚愎自用，火气一触即发，盛气凌人，朝臣大多都厌恶他。
毛文龙镇江之捷，王化贞自以为立了奇功，熊廷弼说：“三方兵力尚未集合，文龙发动得太早，致使敌人恨辽地的人民，把周围四卫的军民屠戮殆尽，使东山军民灰心，让朝鲜君臣胆寒，令河西军队丧气，扰乱了三方并进的计划，耽误了联络朝鲜的打算，把它看作奇功，实际上是奇祸呢。”送信到京城，竭力批评化贞，朝臣们正把镇江一役看作大捷，听到他的话，心中多有不服。熊廷弼又明显地攻击张鹤鸣说：“我既然担任经略，四方援军应当听我调遣，而鹤鸣径自发动，不让我知道。七月里我向兵部询问军队人数，到现在两个月了，没有回答。我有经略之名，无其实，辽左的战事都是张枢密和王抚臣一起办的。”张鹤鸣这下更加恼恨他了，王化贞还说虎墩兔的四十万部队快来了，请迅速出兵，熊廷弼说：“抚臣靠着蒙古人，想不虞而收战功。我不敢轻视敌人，不敢说能不战而胜。”后来，蒙古军队终于没来，王化贞也不敢进兵了。
当时，熊廷弼主张防御，认为辽地人不可信用，蒙古人不可凭仗，李永芳其人不可相信，广宁地方有很多间谍让人担心。王化贞则一切相反，绝口不提防御，说我们一渡河，河东人必为内应。并且飞书报告朝廷，说八月里你们就可以高枕酣睡，而收到我的捷报。有见识的人知道他一定坏事，因为疆场事关系重大，没有人敢说他的不好。到十月份，河上结了冰，广宁人认为后金一定渡过河来，纷纷想逃出广宁。王化贞于是和方震孺商议，分兵把守镇武、西平、闾阳、镇宁等城堡，而以主力驻守广宁，张鹤鸣也认为广宁值得担忧，请明熹宗命令熊廷弼出关。熊廷弼于是又出山海关，到达右屯，考虑用重兵内护广宁，外扼镇武、闾阳。于是，派刘渠以两万人驻守镇武，祁秉忠以一万人驻守闾阳，又派罗一贯以三千人守西平，又重申他的命令说：“敌人来时，跨出镇武一步的，文武将吏都有杀无赦。敌人到达广宁而镇武、闾阳不出兵夹攻，敌人抢劫右屯饷道而三路兵马不救援的，罪也相同。”
熊廷弼刚刚部署完毕，王化贞又相信间谍的话，突然发兵袭击海州，不久又退了回来，廷弼于是上书说：“抚臣进兵，到现在已经五次了。部队屡进屡退，敌人早看透了我方的计谋，我的虚名也因轻易出兵而受到损伤。希望陛下明确指示抚臣，对自己的行为慎重些，不要给敌人嘲笑了。”王化贞看到他的上书很不高兴，飞章上奏，为自己辩解，并且说：“我请求给我六万兵，我保证把敌人一举荡平。就是不如意，也一定能做到死伤相等，使敌人一蹶不振，管保它不再成为河西之忧！”并请准许他便宜行事。
当时，叶向高掌了大权，他是王化贞成进士时的主考官，很偏向王化贞，等王化贞请求把后金军一举荡平时，熊廷弼上书说：“就请按抚臣约定的办吧，应及早罢掉我的官以便于鼓舞士气。”这个时候，中外都知道经略、巡抚两人不和，一定会坏了边疆的大事，大臣们的奏章天天讨论此事，而张鹤鸣笃信王化贞，于是想把熊廷弼拿掉。
员外郎徐大化顺承其意弹劾熊廷弼大言欺世，嫉能妒功，不罢免他必将有害于辽地战事，他们的奏章一并被发给各部，张鹤鸣于是召集大臣们讨论。说把熊廷弼撤职的有几个人，其余大多主张让二人各尽其职，共谋成功。正好后金军这时逼近西平，就停止了争议，仍然兼用他们两人，责令他们共同努力，功罪一体。
没过多久，西平之围吃紧，王化贞相信中军孙得功的计策，发动了广宁的全部兵力，让孙得功和祖大寿前往和祁秉忠会合，然后向前去作战。熊廷弼也传令刘渠拔营赴援。在平阳桥遭遇后金军，刚刚交锋，孙得功和参将鲍承先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、祁秉忠在沙岭战死，祖大寿逃往觉华岛去了。西平守将罗一贯待援不至，与参将黑云鹤也战死，熊廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是熊廷弼撤退了回来，当时后金军在沙岭停下来不再向前来。
王化贞平常把孙得功看作心腹，而孙得功已偷偷地投降了后金，他想活捉王化贞作为自己的功劳，就诈称后金军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住，王化贞正关起门办理军书，毫无所知，参将江朝栋推门闯进来，王化贞大声训斥他，江朝栋大声喊道：“事情危险了，请你快走！”王化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命，在大凌河遇上了熊廷弼，熊廷弼微笑着说：“六万军队就可以把敌人一举荡平，到头来怎么样呢？”
王化贞感到惭愧，建议驻守宁远和前屯，熊廷弼说：“已经晚了，现在只有保护老百姓入关去！”于是，把自己所领的五千人交由王化贞来殿后，把全部积蓄都放火烧了，熊廷弼和韩初命一起护送难民入得关来，王化贞、高出、胡嘉栋也先后入关，只有高邦佐自杀而死。孙得功率领广宁城的叛将把后金军迎入广宁时，王化贞逃跑已有两天时间，后金军追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊，张鹤鸣害怕了，自请前往察看军队。
朝廷逮捕了王化贞，罢了熊廷弼的官，让他听候查考，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，熊廷弼、王化贞都判了死刑。后来，快到行刑时，熊廷弼让汪文言用四万两金子贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼，等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过熊廷弼的贿赂，以此加重熊廷弼的罪行。过后，巡捕抓到市民蒋应旸，说他和廷弼的儿子出入监狱内外，阴谋叵测，魏忠贤越发想尽早杀掉熊廷弼，他的党羽门克新、郭兴治、石三畏、卓迈等就迎合他的意思不断催促。恰好冯铨也曾对廷弼失望过，与顾秉谦等在讲筵上侍讲时，就拿出集市上刊印的《辽东传》向明熹宗诬陷廷弼说：“这是熊廷弼自己写的，是他想为自己开脱罪名。”
明熹宗恼了，于是把熊廷弼杀了，将他的首级在北方的九处军镇辗转示众。后来，御史梁梦环说廷弼侵盗军费十七万两，御史刘徽说熊廷弼家产值百万两银子，应该没收了充作军费。魏忠贤便矫诏命令严加追赃，熊廷弼家全部资财不够，连亲戚、本家都被查抄。东夏知县王尔玉向熊廷弼的儿子勒索貂裘、珍玩，得不到就要打人，熊廷弼的长子熊兆珪自杀身亡，熊兆珪的母亲喊冤，尔玉就扒掉她两个丫环的衣裳，打了她们四十板，无论远近知道这件事的人无不叹息、愤恨。
明思宗下诏书停止追赃，工部主事徐尔一上书诉说熊廷弼的冤屈，说：“当年广宁兵十三万，粮草百万担，全都交由化贞管理。廷弼只有五千名援辽部队，驻守在右屯，距离广宁只四十里。化贞忽然之间同三四百万辽民一下子都败退下来，廷弼只五千人，不一起败退就够了，还能指望他屹然不动，坚壁固守吗？廷弼的罪在哪里呢？我请为他平反昭雪，用以激励有苦劳的大臣！”明思宗不同意。大学士韩爌等上书说：“廷弼的尸骨至今不能拿回去安葬，根据国法是从来没有过的。”明思宗颁发诏书允许熊廷弼的儿子拿他的首级回去安葬，谥号襄愍。