为政举措
政治
整顿吏治
在政治上，面对乾隆末年的种种弊端，颙琰也努力扭转。乾隆末年权臣当道，言路堵塞。颙琰首先“诏求直言，广开言路“，鼓励大家向皇帝提意见。还褒奖起复了部分乾隆朝以言获罪的官员。
乾隆后期吏治败坏，贪污腐败严重。嘉庆五年(1801年)十月，他在上谕中指出:“整饬吏治，以清廉为本“，“贪墨之风，首当严惩“。对此，颙琰一方面继续重用乾隆后期重用的王杰、朱珪、董诰等清廉的老臣，他还听从老师朱珪“身先节俭，崇奖清廉“的建议，限制地方向他呈送宝物，“诏罢贡献，黜奢崇俭“，平时生活也比较节俭，五十大寿禁止民间演戏庆贺，六十大寿又禁止给他送金珠玉器。
除掉和珅
嘉庆四年(1799年)正月，乾隆驾崩，和珅失去靠山，初四日，颙琰发出上谕:解除和珅死党福长安的军机处大臣职务，命和珅与福长安昼夜守灵，不得擅离，切断他们与外界的联系。并削夺了和珅的大学士、领班军机大臣、步军统领、九门提督的军政大权。
初九日，革除和珅、福长安的职务，下刑部大狱。查抄和珅家产，并会同审讯。十一日，宣布和珅二十大罪状，考虑到他曾任领班军机大臣，为了朝廷体面，赐他自裁。
颙琰惩治和珅案没有株连，也没有扩大化，这是嘉庆的聪明之处;但他只把和珅当作个案处理，而没有把“和珅现象“当作制度性的弊端去解决，进行制度性的改革，这是颙琰的平庸之处。
打击贪官
另一方面，他“整饬内政，整肃纲纪“，除和珅及其党羽外还陆续惩治了好些贪官:
嘉庆五年(1800年)，处死了向粮道、卫弁索取数万两银钱的漕运总督富纲。
嘉庆十一年(1806年)四月十六日，革去勒索钱财的河东河道总督职务，九月，查处了直隶司书王丽南侵吞帑银31万两大案，获银万两以上的斩首，万两以下的遣戍黑龙江。
嘉庆十四年(1809年)五月，巡漕御史英纶以贪污卑污处以绞刑，七月处死贪污救灾款并杀害前来查赈官员的安徽山阳县知县王伸汉，为此还革职流放了两江总督铁保、江苏巡抚汪日章。
改革官风
对于官员的玩忽职守之风，颙琰首先从自己做起，学习先帝，勤于政事。每天一大早就起身阅读祖宗实录，批阅奏章，早饭后还召见大臣。对于拖拉延搁的现象严斥不贷。嘉庆十三年(1808年)四月，皇孙出世，内阁考虑到颙琰正高兴，怕送奏折影响他，他知道后就对这种做法进行了斥责。
嘉庆八年(1803年)闰二月二十日，颙琰从圆明园回宫时在神武门遇刺。随从都吓得呆站在原地，只有贝勒丹巴多尔济以身卫之。侍卫这才反应过来，擒获了刺客。所幸颙琰未受伤，陈德后被凌迟处死，两个儿子也被处绞。事后颙琰惩罚了失职的官员、侍卫，加强了紫禁城的门禁制度。
嘉庆十五年(1810年)正月颙琰斥责部院衙门因循怠玩。
嘉庆二十三年(1818年)十一月，颙琰又下令查部院疲玩现象，十二月初九规定了部院行查时间逾限处分:嗣后逾限11到20案，罚俸6个月;逾限21到40案，罚俸2年;逾限40到60案，降一级留任;……他还多次要求地方官员对民隐民情“纤悉无隐“，据实陈报，力戒欺隐、粉饰、怠惰之风。
军事
平定川楚教乱
乾隆末年，国内阶级矛盾尖锐，由于乾隆皇帝大兴文字狱，川、楚、陕等地就爆发了大规模的白莲教起义，到乾隆去世前，朝廷多次派兵围剿，起义军虽然受到一些打击，但仍然如火如荼。
颙琰亲政后，他通过诛杀和珅，缓解民怨，并把几年来镇压起义不力的责任推给和珅，说他欺罔擅专，以至将领在他庇护下虚冒功绩，坐糜军饷，另一方面更易统兵大员;奖惩分明，逼将领用命;严密军事部署;实行剿抚兼施的两手政策，分化瓦解起义军;推广寨堡团练，坚壁清野的做法，割断了起义军与人民的联系。
嘉庆十年(1805年)将起义镇压下去，在历时九年多的战争中，白莲教起义军占据或攻破州县达204个，抗击了清政府从十六个省征调来的大批军队，歼灭了大量清军，击毙副将以下将弁400余名，提镇等一、二品大员二十余名，清政府耗费军费二亿两，相当于四年的财政收入。这次起义使清王朝元气大伤，此后清朝的统治逐渐走向衰落。
镇压东南匪乱
由于清政府对民众的压榨加剧，东南沿海部分民众被迫下海为盗，从乾隆五十九年(1794年)起蔡牵在东南海上劫船越货，封锁航道，收“出洋税“，后来进一步发展为反清起义。清政府命浙江水师提督李长庚赴闽造大舰，铸炮负责镇压，后来李长庚阵亡，直到嘉庆十五年(1810年)，起义才被镇压。
镇压天理教起义
嘉庆十八年(1813年)，趁嘉庆帝离京前往热河围猎，北京防务空虚，北方爆发天理教起义，部分天理教徒在太监接应下冲进皇宫，当时正在宫内的皇次子绵宁(道光帝)用鸟枪打死了两个天理教徒，镇国公奕灏调来火器营、健锐营兵入宫，义军终因寡不敌众，被全部消灭。获悉事变后，嘉庆帝下诏罪己，同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮，并诱捕在城外的头目林清等。随后，各地的天理教起义陆续被镇压。
经济
蠲免钱粮
他亲政后除了他死的那年外，年年都蠲免灾区的钱粮;六十大寿还普免全国积欠钱粮，大约有两千一百多万两白银，四百多万石米。
重农政策