故事承接前作。

暗影大帝借助小樱的异化之躯，获得了难以想象的力量，妄图献祭霓虹大陆，成为“超越神”的存在。

最终被雄兵连打败！

小樱牺牲自己，保全了整个世界。

在电影最后的彩蛋环节中，一团碎肉被检测出生命反应，逐渐凝聚成心脏的模样。专家破解了“异化细胞”的奥秘，原来这是一种外星文明制造的“资源收集器”。

这一段彩蛋，也被观众视为“小樱复活”的预告。

毕竟黑猪叔叔说过，只要“凋零之花”手办卖得好，小樱绝对、绝对会复活！

孟叔叔从不骗人。

他答应的事，无论如何都会做到。凋零之花手办卖得这么火，小樱在《雄兵连Ⅱ》中复活，这是毫无悬念的事。

在本作中，破解完小樱体内的异化细胞后，专家们利用“培养皿”，打算人工繁殖出一只小樱。

计划进行得很顺利！

投入各种金属、矿石、放射性物质后，那团“心脏状碎肉”很快就繁殖为肉球，小樱复活有望！

可这时候，来自黔州天眼的一则消息，惊动了整个世界。

一艘神秘星舰，正以极快的速度逼近太阳系！

研究异化细胞的专家，被紧急抽调至别的项目。小樱的研究所，变得冷冷清清，没有任何一个人。

这时候，肉团破开了！

一只白嫩的小手伸出，身无片缕的银发小樱爬出肉团，隔着一层玻璃呆呆地望着眼前的一切。

她轻轻一点，玻璃炸裂。

小樱离开了！

没人知道她去了何处，现在是什么状态。陷入“外星人入侵”危机的地球高层，这时候也管不上小樱逃走了。

雄兵连再度集结。

为了应对“极有可能”发生的外星入侵事件，地球高层不仅召回了原有的战士，还从霓虹征召了“假面骑士”。

他们分别是1号、2号、V3、强人与亚马逊。不要问X怎么没来，神敬介这家伙档期排不开呀！

除了假面骑士外，本次新增的战士，还有获得“法界秘宝”，可以用魔法净化人心的魔力少女五人组。

一共增加了10名战士！

加上之前的四灵战士、铠甲勇士、小魔仙与超级战队。观众调侃的“雄兵连升级为雄兵营”，终于变成了现实。

下一作，估计是雄兵团了！

外星战舰逼近地球，所有人都很紧张。社会秩序一度崩坏，各个国家都发生了“打砸抢烧”的骚乱，俨然一副“末日降临”的场景。

漫无目的走在街上的小樱，成为了地痞流氓觊觎的目标。

“你认识我吗？”

“认识！当然认识！小妹妹你来我家，我给你看个大宝贝……”

像一张白纸的小樱，中了地痞流氓的圈套。不过流氓们明显没想到，这个少女的一巴掌，竟然能把人活活扇死。

“鬼啊！”

“救命，警察叔叔救我……”

轻松屠戮了三名人渣后，小樱走出房间，抬头看了眼天空。恰好帝皇侠带领五行铠甲们，骑着光影驹匆匆飞过。

“那个人……”

“不！小樱！”

看到帝皇侠，小樱脑中出现了曾经大战的场景。她痛苦地捂着头，不知所措。

外星战舰来了！

进入地月轨道后，人类联合体对这艘战舰，发出了最后通牒。