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三日后，朱祁钰率领的五千步兵到达了长崎，不过此时长崎城受到的威胁已经解除了，而且吴历宏正在组织人员水兵修复战舰，并且让舰队尽快恢复状态。
“城市的秩序已经恢复了，现在还有一部分水兵在加强城外的防御，另外……”吴历宏在向朱祁钰汇报情况，“另外还有一批有嫌疑参加了叛乱的日本人被关押了起来，怎么处理这批日本人？”
朱祁钰转身看了吴历宏一眼，然后朝城墙外的战场指了一下。“吴历宏，那是什么地方？”
吴历宏一愣，没有能够立即明白朱祁钰的意思。
“那里曾经是农田，是百姓安居乐业的地方，现在却是战场，是埋藏帝国将士尸骨的坟地，是谁造成了这一切？”朱祁钰残酷地笑了起来，“要怪，就让他们去怪自己吧。所有有可能参加了叛乱的叛民一个不留，全都拿去填海。这是一条长期有效的命令，今后，只要是有嫌疑参加了叛乱的日本人，朕都不想见到他们仍然活在这个世界上，他们要想叛乱，就到阴曹地府去跟阎王爷叛乱吧！”
“陛下……”吴历宏震惊地看着朱祁钰，显然，皇帝已经变了，而且变得很多。
“还犹豫什么？十日之内，朕要东洋舰队完成准备工作，然后前去支援马关。那些日本暴民就交给步兵去处理，这里没有你的事了。”
吴历宏有点神色黯然地点了点头，显然，皇帝对他的仁慈有点不耐烦了。当然，作为帝国军人，以服从皇帝的领导为最高使命，他是不敢违背皇帝的旨意的。
朱祁钰的这一道命令，就让数万日寇葬身大海，也正是这一道命令，让后来数以百万计的日本平民成了战争的牺牲品。在针对朱祁钰在平定日本叛乱时所采取的民族灭绝政策时，东西方的历史书上都没有给出一个准确的评价，因为此时西方的殖民者也正在美洲大陆上做着同样的事情，那些有上千年历史的美州土著文明也正在列强的枪炮下痛苦地挣扎着。相比之下，明帝国在日本地行动并没有成为西方史学家的指责对象。同样的，明帝国的历史也不会详细地纪录这次民族大灭绝。反而，日本的历史书上对这次战争的纪录很详细，甚至搞出了精确到个位数的受害者名单来。也不知道，后世的日本史学家是怎么知道几百年前发生的这场战争的详细经过，用什么办法来统计出这么“精确”的受害者数字的呢？
朱祁钰并没有急着率领军团赶往马关。在到达长崎之后，他已经收到了消息，马关的守军已经顶住了日寇叛军最为疯狂的进攻，并且正在加固城防，等待援军的到达。所以朱祁钰也不急着前往马关解围，而是让步兵加强了长崎的防御，并且扫荡周围地区。毕竟，只要九州岛上的叛乱没有被镇压下去，长崎就不可能完全安全。
同时，陈豫的第二军已经如同旋风一般地开始扫荡九州岛，镇压叛乱的暴民。正因为朱祁钰之前给陈豫足够的战场处理权力，因此，这次第二军的扫荡行动，要比四年前的那次进攻更为猛烈，更为残暴。
第二军在离开了长崎之后，全速北上，当天上午就到达了大村。这里是叛民进攻长崎的前方基地，虽然叛民已经获得了消息，明军增援部队到达了长崎，不过第二军的速度确实太快了。在大村驻守的五千多叛民几乎没有做出任何有效的抵抗，就被第二军击溃。不过，他们没有能够逃出明军的包围圈，第二军的骑兵早就已经封锁了大村北面通往大川城的通道。结果，五千叛民全部被歼灭。在战场上投降的两千多叛民全部被陈豫下令活埋。另外，大村的一万多居民中，除了一千多人之外，其他居民都因为曾经支持过叛民的行动，全被斩首！
大村的扫荡工作还在进行的时候，陈豫就率领第二军的两个骑兵师以最快的速度杀到了大川城外。这是九州岛上，最靠近长崎的一座人口在十万以上的城市。而聚集在这里的叛民数量达到了五万人之多。
第二军只用了不到两日的时间就攻破了大川城的城墙，上千斤的炸药，直接将城市南面的整段城墙都炸上了天。在失去了城墙的掩护之后，叛民没有任何资本继续抵抗明军骑兵的进攻。结果，五万叛民只有不到一万人逃了出去，其余四万多人在三日的战斗中全部被明军歼灭。
接下来，陈豫下令第二军在大川进行了五日的大屠杀。
这是有着确切的史料记载的，明军在平定日本叛乱战争中进行的第一次大规模屠杀行动。在明军攻占大川之前，这里有十五万居民，其中大部分并没有参与叛乱行动。而在五日的大屠杀之后，只有一百名日本居民活了下来。这一百人能够活下来的唯一原因是，明军需要他们去处理尸体！后来，考古工作者在大川城附近发现了数十个万人坑，最大的一个万人坑里发掘出了五千多具尸骸，其中有不少是未成年的儿童！
攻占了大川之后，陈豫继续率领第二军前进，十日之内，就先后扫荡了十多座大小城镇，一路杀到了对马海峡的北九州城。这里原本是一座小城镇，不过后来明军在占领了马关之后，因为通商的便利，三年多之内，北九州就发展成为了一座拥有近五万人口的中等规模的城市，并且聚集了大量的日本商人。而在叛乱发生之后，叛民获得的很多援助都是从这里得到的。
在占领了北九州之后，陈豫更做了一件耸人听闻的事情，在部队的中级军官里发动了“杀人比赛”，并且根据杀人的多少来确定军官的战功。也就是从这里开始，明军在九州岛上的大屠杀行动全面展开了。