莲花峰是当地人的叫法，其实这里的学名叫九莲山。这里就是后来的南少林祖庭所在地，原来这个后来赫赫有名的南少林，是用来看管小皇帝阿离一家人的。因为需要保密，因为需要理由，所以朝廷和少林寺借口建立南少林。从此小皇帝一家人住在后山一个山谷里面，唯一进出的山路上，建立了一座后世闻名的寺院。

南少林位于福建省莆田市荔城区清源山下林山村境内，南少林寺建于南朝初年，是南少林武术文化的发源地。莆田南少林寺不仅是佛教中禅宗的代表性寺院之一，也是中国武术南拳的发源地之一。其建于南朝永定年间(公元577年)，相传河南嵩山少林寺13武僧帮助唐太宗统一中国后，唐太宗赐于“僧兵“，并准许在全国各地建立十座分寺。据考，莆田市荔城区九莲山的林泉院，就是少林寺十座分寺中较早创建的分寺之一。因为规模宏大(占地约三万平方米)，武风鼎盛，影响南中国，故称之为南少林寺。据考，该寺于清初被清兵焚毁。直至1986年，考古学家挖掘发现南少林寺遗址(泉州南少林寺遗址)。1989年，在政府的大力扶持下开始重建。

1992年4月25日，莆田市人民政府在北京人民大会堂举行新闻发布会，正式向外界宣布发现南少林寺遗址。中国佛教协会理事、嵩山少林寺第29代方丈德禅大师出席新闻发布会，确定并赠送了“南少林就在福建莆田九莲山下“的亲笔题词。原全国*****、中国佛教协会会长赵朴初老亲笔题写“南少林寺“匾额，支持南少林寺的开发建设。1998年12月8日，南少林寺重建工程竣工，正式向海内外开放。

唐太宗贞观年间，嵩山少林寺僧南下，不远千里来到九莲山，住锡在林泉院。此后，林泉院易名林山少林寺。北宋时，寺庙更加兴旺，僧人500多名，武风极盛，形成南少林拳。与北少林的腿功一起誉称“北腿南拳“。南宋时，寺院仍保留兴旺趋势。刘克庄也盛赞“邑之嵩山少林“。此后，几经兴废，几易其各，而为名寺。林泉院毁于清初。现在南少林寺遗址一带仅存一些附属寺院，如资福寺、红花亭等。

1990年4月13日，河南嵩山少林寺方丈德禅大师写下手书:“南少林寺就在福建莆田九莲山下“。中国佛教会会长赵朴初先生题写“南少林寺“寺名。1992年4月25日，经福建省人民政府批准，莆田市和莆田县人民政府在北京人民大会堂举行了南少林遗址论征暨重建莆田九莲山南少林寺新闻发布会。1998年，南少林寺重建落成。2006年12月，南少林寺正式接纳广化寺方丈管理，成为两寺院共同统一体制。

福建莆田南少林寺是历史上的武林圣地，曾因“南拳北腿“与河南嵩山少林寺遥相呼应，世称“南北少林“，是我国佛教禅宗文化遗产和少林南拳的发源地。

武术是我国国宝，莆田是武术之乡，自唐代武则天首开武考以来，莆田共中全国级武状元12人，武进士307名，有22人任过兵部尚书。南少林寺是南拳的发祥地，也是东南沿海武术活动中心，南少林的“佛家拳“、“安海拳“、“一指禅“等名扬大江南北，远播日本、东南亚。1990年以来已连续举办五届南少林传统拳术大赛。各路拳师表演51种不同的拳械，110多个套路，并首次发现了新的拳种“佛祖拳“。习武有上自88岁的长者，下至5岁的孩童，反映了南少林故乡的武术遗风。

南少林寺原名林泉院，始建于南朝陈永定元年(公元557年)。林泉院的习武之风，缘起于唐初，传说唐太宗李世民登基后，辅公部将路得才聚众东南沿海沦为强盗，夜集明散，弄得民不聊生。唐太宗命已敕封为大将军的少林寺方丈昙宗率僧兵惩治海盗。昙宗派十三棍僧之一的道广和尚和僧广、僧满三人带五百僧兵入闽平暴。他们在当地收下不少禅宗弟子，沿海人民挽留这些救难的活菩萨。道广也感到盛情难却，就回嵩山少林祖庭禀告昙宗方丈，昙宗方丈送一首偈语让其在福建找一处同嵩山九顶莲花山相似的地方建一座南少林寺:一则示不忘祖庭;二则在沿海传播大乘禅宗。偈语是“傍海平盗日月久，九莲山下有宿头;南北少林同一寺，大乘禅在心中留“。