在甲午中日战争期间，日军占领朝鲜后，渡过鸭绿江侵入清朝祖地满洲，多次在野战中击败清朝黑龙江将军依克唐阿、吉林将军长顺率领的八旗军，而且还攻占了一系列的八旗军在满洲的驻防据地，计有:凤凰城、金州、海城、岫岩、熊岳、盖州、牛庄、营口、辽阳、鞍山等地。清朝由于战败，与日本签订《马关条约》，除了若干丧权辱国的内容外，还含有割让东北的辽东半岛，后经俄、德、法三国干涉，日本放弃占领东北的辽东半岛，但仍向清朝索取赎金。

八国联军侵华

在八国联军侵华战争期间，八国联军攻陷了八旗驻防兵力雄厚的天津及北京，慈禧太后、光绪帝西逃，八国联军又陆续攻陷了八旗军的驻防地山海关、保定、张家口等，在此期间，沙俄还单独出兵侵占了清朝的祖地东北，至此，清朝八旗军颜面丢尽，之后，屡战屡败的清朝政府不得不又与西方列强签订了一系列卖国条约。

太平天国

太平天国起义后，太平军先后攻克八旗驻防要地有南京、镇江、沧州、杭州、乍浦、汉中等处，太平军克满城(内城)后除女子外多被屠杀;包围但没有攻克的有开封、天津、西安等。

在太平天国、捻军、洪门、回教等一系列反清战争中，八旗驻防的乌鲁木齐、伊犁曾被***教徒(有外国分裂势力介入)攻陷、八旗驻防的广州亦曾被义军围困、八旗驻防的西安曾被捻军围困。

清廷从各地调动了大批八旗兵参与围剿太平军，例如在咸丰三年春，清朝建江南、江北两大营于大江南北，以围困天京。

江北大营由清朝钦差大臣琦善节制调遣各路清兵，计马步兵一万八千人，值得注意的是，江北大营之将领士兵，大多数为满洲人，其后增援的尚有蒙古兵。而江南大营最初由向荣统率，据《李秀成自述》指出江南大营围困天京时曾经“有满兵数千、汉兵二、三万之众”。

清朝的寄以厚望的江南、江北两大营接连被李秀成攻破。此后，咸丰帝不得不任命曾国藩为两江总督钦差大臣节制大江南北各路清军，从而把消灭太平天国的希望寄托在曾国藩的湘军之上。

捻军

第二次鸦片战争结束后，清廷命僧格林沁亲王为钦差大臣进剿捻军，僧格林沁率军一万人(其中八旗马队3500人、步队2000人;绿营5000人)。后，由于首次作战失败，再从直隶古北口及内蒙古等地抽调八旗马步队2300人及绿营1500人增援(此时僧格林沁部队八旗马步队为7000人左右、绿营9000人左右)。

在四年的征战中，僧格林沁部队中的八旗名将恒龄、副都统格绷额、伊兴额、总管伊什旺布等先后战死;侍郎瑞麟因战败被革职、富克精阿、精色布库等将领因怯战被军法处斩。由于连年征战、损兵折将，到1864年著名的高楼寨之战前，据说僧军能战者仅余1300人。

1864年在著名的高楼寨之战中，僧格林沁部队全军惨败，僧格林沁本人战死，虽然清廷没有公布其被歼总数，但统计此战前重新得到补充的僧格林沁部队共万人，战时损失约7000人，其中马队近2000人(还有一种说法，僧格林沁部队此役共有3万人，损失1万人，其中马队6000人)。

清廷这支嫡系军队覆灭后，自此不得不依靠汉人的湘军和淮军。

辛亥革命

辛亥革命中，八旗兵驻防的南京、镇江、杭州、乍浦、福州、广州、荆州、成都、西安、伊犁等都先后失陷。

武昌起义的消息传到东北后，东北的政要在是否“独立”还是继续拥护清朝小朝廷的问题上始终没有形成统一的意见，最后的折中办法是把满洲代表清廷的“黄龙旗”降下来，更换了“黄色旗”，产生了所谓的“国民保安会”，分别由东北三省原来的总督、巡抚担任会长。虽然尚未算正式“独立”，却也在世人面前暴露了清朝无力量控制东北三省的事实。

清末，八旗军早已经军政久弛、岁以为常了。就以绥远驻防的八旗为例，计八旗二十佐、二千马甲、七百步甲、六十三弁，其中染鸦片烟毒的约十之六七。暮气沉沉，这样的军队自然不堪一击，在无兵可用的情况下，清帝不得不宣布退位(实际在辛亥革命时，革命军并没有将八旗军视为主要对手，而是将袁世凯的北洋军视为主要对手。当然，也有部分八旗军改练成新军，例如京师八旗曾挑选部分兵丁交袁世凯仿照北洋常备军的形式训练，编入后来被称为禁卫军的陆军第一镇及陆军第六镇中，不过此军名为禁旅，而将校却都是袁世凯的部下，实无异袁的私军)。