1922年8月–参谋本部员。

1922年12月–参谋本部参谋军官(出差中国。板西机关补佐官。)

1923年8月-晋升中佐。

1926年3月-步兵第2联队军官。时任特务机关长的土肥原贤二

1927年3月-步兵第3联队军官。

1927年4月-出差中国。

1927年7月26日–晋升大佐。第1师团司令部军官。

1928年(昭和3年)3月20日-奉天督军顾问。

1929年3月16日-步兵第30联队长。

1930年被调任天津特务机关长，次年又调任沈阳特务机关长。

1931年3月–出差中国。

1931年7月26日-关东军司令部军官(奉天特务机关长)。

1931年沈阳事变的共谋者之一。“九·一八”事变共谋者。一手导演成立伪“满洲国”政权。

1932年1月26日–关东军司令部军官(哈尔滨市特务机关长)。

1932年4月11日–晋升少将。步兵第9旅团长。再也未回满洲。

1933年10月16日-关东军司令部军官(奉天特务机关长)。

1935年5月，逼迫察哈尔省民政厅厅长秦德纯与之签订《秦土协定》。

1935年10月，土肥原特务机关进入北京后，继续策划以分裂中国为目标的“华北自治运动”。

1936年3月7日–晋升中将。第12师团司令部军官。

1936年3月23日–第1师团留守司令官。

1937年3月1日-第14师团长。

1937年7月7日卢沟桥事变爆发，日本发动了全面侵华战争，土肥原奉命率部入侵中国。

1937年8月20日，土肥原部在塘沽登陆，之后在华北作战，一路杀向保定、石家庄、邢台、邯郸、磁县、大名、安阳、新乡，直抵黄河渡口。因其进军迅速，被日本媒体称为是“华北战场上的一颗明星”。

1938年5月，土肥原率部渡黄河进入陇海铁路向郑州方面进攻。

1938年6月18日–参谋本部参谋军官。授命为大本营军官(土肥原机关长)。

1939年5月19日-第5军司令官。

1940年6月–参谋本部参谋军官。

1940年9月28日-军事参议官。

1940年10月28日–日本陆军士官学校校长(兼任)。

1941年4月28日–晋升陆军大将。

1941年6月9日-航空总监。

1943年5月1日-东部军司令官。

1944年3月22日-新加坡第7方面军司令官。

1945年4月7日-教育总监。

1945年8月25日-第12方面军司令官兼东部军管区司令官。

1945年9月13日，被驻日盟军总部逮捕，关押在横滨刑务所。

1945年9月24日-第1总军司令官(兼任)。

1945年10月1日-军事参议官。

1945年11月30日-编入预备役。

1948年11月12日，土肥原以“破坏和平”、“违反战争法规惯例及反人道”等罪行，被远东国际军事法庭判为甲级战犯。

1948年12月23日，在东京巢鸭监狱执行绞刑。

1978年，土肥原贤二的灵位与其他甲级战犯一起被供奉在靖国神社。