阮元道：“先生这是哪里话？先生身在书史，心忧万民，学生向来敬佩，断不致因先生之语，而称先生悖逆的。”
钱大昕道：“既然如此，这一番话就与你说了罢。伯元，你可知十六年前，我因何不再入仕，只是闲居家中，十年不再踏足京城？”
阮元自然称不知。钱大昕叹道：“其实这番缘故，我早该告知你了。那是乾隆四十年时，我因丁忧之故，去职归家，这原本是天经地义之事。眼看家居数年，即将服除，我原也想着守制终了，便回归京城。可也就在这时，我收到了二云的来信，二云在五代史事上有些难于抉择之处，前来请教于我，可他来信除了请教，却又提及了另一件事。”
“当时皇上在修《四库全书》，开馆纳士，依二云的学问，自当名列其中。二云精于史部，不仅将乾隆四年殿刻的《二十三史》一一精校，列于乙部，更从《永乐大典》和《册府元龟》中遍搜北宋薛居正遗文，最后竟将那早已失传百年的《旧五代史》恢复了十之七八。老夫看了，自然为他欣喜。薛史早佚，便老夫之前，也未见得全本。二云修列旧史，成今日《二十四史》之名，实在是有再造之功。”阮元也知道邵晋涵这些故事，点了点头。
“可二云来信，却不只是为了求教，信的最后，提到这样一件事：皇上对这《旧五代史》辑录，一直颇为上心，故而二云早早手录一遍，献与了皇上。可没想过得几日，皇上诏二云前去，竟问起二云，为何金章宗之时，竟削去此书之位，仅列欧阳文忠公新史一书？二云一时不明其意，归家后细细看了，方知皇上意思。”
“那《旧五代史》修于北宋之初，彼时宋人自以上国，视四裔为夷狄，故而行文之中，多有贬斥之语，言及契丹，多言‘戎’、‘虏’、‘犯’、‘盗’之字句。二云想起皇上之言，才知道这些字句，是入不得四库的。其实欧史亦有此等字句，金人废薛史，也未必是因戎虏之言。但彼时修《四库》，有些著作，即便入选，皇上也一再下令，有违碍之语，当即改去。更何况有些国朝鼎定之时的文人集子，只因其中偶有冒犯国朝，即被查禁了……二云也清楚，若是这些字句如数列入四库，只怕自己必遭惩处不说，就连这好不容易辑出的《旧五代史》，将来只怕也保不住了。”
“所以，二云踌躇再三，只好弃车保帅。他和我说，他之后不久，便将初次辑出文稿毁去，重新辑录了一份，这次便只好对薛史旧文，多有改易了，譬如原文只有戎字，若指的是契丹，便直书契丹。就连‘犯’、‘寇’诸字，也只得改为‘入’、‘据’……二云也告知于我，他所为此事，实在是无奈之举，眼下考据大兴，古本优于今本之理，二云又如何不知？可为了《旧五代史》能留于后世，他不得不如此了……他说，这书已经失传了一次，他不想因为个别字句的违碍，让这书再失传第二次……”（按：《旧五代史》辑录之初，于邵晋涵抄本中即有改动，武英殿本更多。但改字的问题，已于民国之时，由学者陈垣加以修正。目前常见的《旧五代史》版本，已不存在这个问题。）
阮元在京城多年，自然也知道乾隆因为忌讳，在修订《四库全书》之时，对违碍词句，往往有所改动（按：现代古籍整理出版，以古本为据，已是通识，只有全无古本可据，才会以《四库全书》本为据，故而现今流行的古籍版本，除非仅有《四库》孤本，已不存在《四库》改字的问题。）。故而也十分同情邵晋涵，问道：“那……难道先生便是因为此事，不愿再回京城了么？”
钱大昕道：“当日之事，也不只如此。其实不瞒你说，我仕官之事，之前是与你讲过的，那还是乾隆十六年，那个时候，皇上正当盛年，意气风发，凡所决策，无不圣明。老夫那时候，也是真心把皇上当做神明一般。可二十年过来，皇上年纪大了，疑忌之心，也与日俱增，民间生员，多有因诗句中偶有一二违碍之处，便被检举出来，定了大逆的。甚至有些诗句，看来并无不通，却也有人穿凿附会，说是悖逆之言……皇上他清楚，老夫绝无犯上之心，故而老夫写那《廿二史考异》，皇上从未过问。可这般寻章摘句，老夫……老夫也实在是心寒。想想二云勤于四库，本是为了存遗文于后世，不使先人之言湮没无闻，可现实却是……老夫想到这里，归京之心也就淡了，之后守制期满，也只闲居家中，在江南各个书院讲学为乐，京城却是不愿再来的了。后来因为遇见你和渊如，觉得你们或许可以挽狂澜于既倒，才与你们北上，想着再指点你们一番。”
想到这里，又不禁叹道：“皇上钦定正史，二十四部，可我只写《廿二史考异》，却是为何？只因这《明史》和《旧五代史》是国朝修订辑录，老夫生于国朝，又有何异可考呢？想来还是不添这个麻烦了罢！”
阮元听着，也知道钱大昕是一心为了学术，并非什么“悖逆之言”，更何况，他既然选在后院和自己说这番话，便是想让自己保密。既然已是秘密，又有何“悖逆”可言？当下答道：“先生此言，也是为了学问，乃是心忧天下之事，绝非悖逆之言。只是这天下，眼下尚属太平，先生希望学生挽狂澜于既倒，却是找错了人啊？”
钱大昕笑道：“天下太平？若早得二十年，说一句天下太平，老夫倒也深信不疑。可如今的天下，早已是危机四伏了。皇上八旬万寿，本来说的是督抚藩臬，进献自便，可最后天下督抚藩臬，皆有厚礼，这事你可知道？”
阮元道：“此事学生略知一二，这些日子，学生准备日讲和南书房之事，和皇上见得多了，皇上也偶有提及，说天下督抚，皆是尽忠之人，故而人人都有进献。”
钱大昕道：“尽忠？皇上原来说的是进献自便，可下面接到的诏书呢，却都是三品以上皆需进献啊？想来是有人从中改了诏旨，可即便如此，这番尽忠，背后又是什么？外官中三品以上的督抚提镇，加在一起要有上百人，皇上八旬万寿那日，你也看见了，除了你朱恩师，其余督抚无不是大肆铺陈，竞相夸耀。可这进献出自何人，出自天下万民啊！他们为了在皇上面前尽忠，背后便只好巧立名目，百般搜刮。总督要献礼，巡抚要献礼，布政使按察使要献礼，这些礼加在一起，百姓承受得来吗？”
“伯元，你年纪还轻，老夫也知道你自幼生长扬州，本是富贵之地，或许，你还没见过真正贫苦无依之人。可老夫数次出任学政，挂冠以后也多次前去中原游历，天下人什么样，老夫看得清楚啊。眼看乾隆一朝，天下户口从一万万变成了三万万，可这新增之人，却大多都是穷苦之人。湖广、河南，都有不少，平时无灾无疫，倒也罢了，一有水旱灾害，便是成千上万人衣不蔽体，食不果腹。可州县官吏呢，在官府中饱私囊，一到救灾赈济，便敷衍了事。各地亏空，也是一日甚于一日，只不过眼下大多百姓尚有生路，故而看起来天下太平罢了。可长此以往，只怕……伯元，你以后的路，可不好走啊。”
“伯元，我知道你身在翰詹，又在南书房随侍，文章诏敕之事，绝不会少了的。其实你献《宗经征寿说》，大考的三不同，老夫都知道。若只是为翰林公事，偶一为之，老夫不怪你。可若是你将那些迎合皇上的词句，都一一当了真，那便是已入了歧途了。我等读书做官，所谓何事？是为了生民和乐，教化人心，可不是只为了曲意逢迎啊。若是你心中，没有天下万民的位置，那这圣人之言，可就白学了。”
阮元听着，已知钱大昕对自己这一年的行为，其实颇不满意，自己几篇文章，也确实是在一味称颂乾隆，而忘了民生疾苦。想到这里，心中也自觉得无比惭愧，额头上汗水涔涔而下，道：“先生此言，学生记下了。不瞒先生，学生之前文章，确是……确是只想着皇上恩德，却忘了天下之事，这件事，原是学生思虑不周，还请先生见谅。”
钱大昕笑道：“其实你给和珅送礼之事，我也有听闻，但我相信，你有你的想法，绝非为了自己官禄而走捷径。后来看你和孙渊如，洪稚存他们依然把酒言欢，我也确信你本心未泯。所以老夫眼看要离京归乡，还想着再过来一次，把这些事告知于你。但你以后的路，就要靠自己了，即便老夫不走，老夫这把年纪，又能帮你多少？伯元，至少眼下，老夫还是相信你的，老夫相信你有了机会，一定会造福万民。可官场之上，有诱惑的事物，实在太多了，你可一定要坚持自己的道路，不要为名利所诱啊。”
阮元听了，知道钱大昕是悉心指导自己，也再次对钱大昕拜过。他也清楚，自己骤升四品，极易碍于虚荣，把持不定。钱大昕这临别前的一番话，让他再一次坚定了自己为官的本心。
钱大昕不久之后，就离开了京城，而阮元也依然谨慎行事，不与和珅一党来往。吴省兰多次邀他饮宴赴会，阮元均自婉拒。但话说回来，阮元毕竟在南书房要入值，还要准备日讲起居注之事，原本也有这些有力的理由来回绝吴省兰。
这一日，和珅问起吴省兰时，吴省兰也无奈的答道：“致斋，我看他的意思，确实是不愿与你多来往。可他平日南书房、石渠宝笈、日讲这些事，都是皇上任命，我没法和皇上抢人啊，你说是不是？”
“和皇上抢人？”吴省兰无意中的一句话让和珅如梦方醒。
“吴老师，阮元平时和什么人在一起的时间多些，是阿中堂、王中堂他们吗？”
“也不是，他平日提到的人，最多的是三个，一个是刘墉，一个是沈初，还有一个是彭元瑞。彭元瑞和王杰来往多些，却也不算密切，刘墉和沈初都是各自做各自的事。”沈初是《石渠宝笈》撰修的另一位主持，以文学为乾隆重用。
“吴老师，我明白了。”和珅忽然说了这样一句话。
眼看吴省兰一时不解，和珅道：“是皇上不想让他和我走得近，故而安排了他这些职务。当然，这样一来，他和王杰他们，一样不会亲近到哪去。皇上这番用心，其实是想亲自栽培他，让他做皇上自己的人，而不是我们，或者王杰的人啊。”
“致斋，你想多了吧？或许就和沈初一样，是皇上专用的文人呢？”
“文人？以他的才能，只做个文人，那不是大材小用了吗？”
但无论如何，和珅想拉拢阮元的计划，就这样落空了。而阮元的为官之路，也渐渐稳定了下来。
这年五月，阮承信、江彩、刘文如等人也来到了京城，一家人终于又团聚在一起，而更大的幸事还在后面。
五个月后，因吴省兰升迁内阁学士，阮元被提拔为詹事，位列正三品，同时，阮元又加文渊阁直阁事、仪礼石经校勘官二职。此时阮元只有二十八岁，而他从进士登科到升任詹事，只用了两年零六个月的时间。
乾隆五十六年，是阮元的命运被彻底改变的一年。