神宗十八岁时，曾经醉酒调戏宫女，冯保向太后告状，太后愤怒之余，差点废掉神宗帝位。太后命张居正上疏切谏，并替皇帝起草“罪己诏”，又罚他在慈宁宫罚跪六个小时，皇帝因此对冯保、张居正怀恨在心。张居正积劳成疾，死于任上，临终奏疏，推荐他的主考官潘晟进入内阁。冯保派人把他召来，御史雷士桢、王国，给事中王继光相继说他不可任用，潘晟就中途上疏推辞。内阁张四维估计申时行不肯处在潘晟的下面，就起草意见答应此事，皇帝立即回答可以，冯保当时生病，辱骂道：“我小病，就没有我吗？”

皇太子出生，冯保想封伯爵，张四维用没有先例来责难他，计划给他的弟侄一个做都督佥事的官职，冯保发怒说：“你靠谁得到今日，却背叛我！”御史郭惟贤请求召用吴中行等人，冯保责备他同侈相庇护，把他贬谪。

江西道御史李植，上疏弹劾冯保十二大罪状，重点在徐爵与冯保挟诈犯法，其它罪状有：永宁公主选婚，冯保接受梁国柱万金贿赂，明知其子短寿且确实有病，却曲意庇护。结果成婚之时，梁“鼻血双下，沾湿袍袂”，大婚后一个月，竟一命呜呼，致使公主几年后亦郁郁病死。二十四宦官中已去世的，凡是钱财多者，冯保都封锁其房屋，搜寻家资一空，只捡其寻常之物献给皇上，而把金珠重宝据有已有。冯保的宅第店房遍布京中，不可胜数，他在北山口造了坟地，花园的壮丽，可与西苑媲美。而盖在原籍的房子有五千多间，连郡跨县，无论规模还是华美程度，都跟王居不相上下。

此时，太后还政给皇帝已经很久，冯保失去了依靠，皇帝又对冯保积了很多怒气。东宫老太监张鲸，张诚趁机陈述冯保的过错和罪恶，请求皇帝打发冯保去闲住。神宗还是害怕他，说：“如果大伴走上殿来，我如何办？”张鲸说：“既然有了圣旨，哪敢再进宫殿！”神宗就听从了张鲸的话，在圣旨上批示：“冯保欺君蠹国，罪恶深重，本当显戮。念系竽考付托，效劳日久，故从宽着降奉御，发南京新房闲住。”随后展开查抄冯保家产的动作，发配他往南京孝陵种菜。

之后，冯保死于南留都，葬于皇厂，冯保的弟弟冯佑、侄子冯邦宁都是都督，削职后又遭逮捕，坐了很长时间的牢，死于狱中。