矿税使暨禄去世，李三才因而请求下诏将天下的税使全部撤离，皇帝不听，命令鲁保兼任暨禄的职务。前吏部文选司郎中顾宪成住在无锡，在东林书院讲学，喜欢品评人物。李三才与他有深交，顾宪成也极信任他。李三才曾经请求朝廷增补大官职，选拔科道，录用被贬的官员。因而说：“各大臣只因为言论触及到了掌权的人，便永不叙用，他们并没有违背陛下。现在有些人假借皇上的威风禁锢大臣，又借他们违抗陛下的名义替自己的罪过掩饰。有负国家有负君王，没有比这个罪更大的了。”此举意在为顾宪成等正直朝臣鸣不平，又极力陈明朝政的败坏，请求皇帝奋发有为，与天下一起有所变化。而且极力说明辽东一带危急，必定难以永保安全。皇帝都将其置于一边不加理会。
李三才有雄才大略，在淮上一带任职时间较长，因力主抑止税监而深得民心，待淮、徐一带发生灾害，他又请求赈恤，减免马价，淮上之人深为崇敬他，逐渐地升至户部尚书。内阁缺人，有人认为不应当专门只用文学侍从，应该让地方官也参加补缺，意在让李三才回朝，等到都御史出现空缺，李三才按照次序被召进朝中。由此忌恨他的人日众，诽谤他的言论四起，工部郎中邵辅忠弹劾李三才表面上是忠臣，其实是个大奸贼；表面上正直，实质上狡猾，列举他贪污、虚伪、险恶、专横四大罪状，御史徐兆魁接着弹劾。
李三才上了四份奏疏为自己极力辩护，而且乞求退休，给事中马从龙，御史董兆舒、彭端吾，南京给事中金士衡相继为李三才申辩。大学士叶向高说李三才已闭门在家等待被皇上治罪，为朝政考虑，应立即定下他的去留问题。皇帝一概不予回复。不久，南京兵部郎中钱策，南京给事中刘时俊，御史刘国缙、乔应甲，给事中王绍徽、徐绍吉、周永春、姚宗文、朱一桂、李瑾，南京御史张邦俊、王万祚，又连着上奏弹劾李三才。
而给事中胡忻、曹于汴，南京给事中段然，御史史学迁、史记事、马孟祯、王基洪，又上疏为他申说救助。一时间，朝臣争辩，是非难定，过了几个月还没有平息。顾宪成于是写信给叶向高，极力称赞李三才廉洁、正直，又写信给吏部尚书孙丕扬极力为李三才辩护。御史吴亮素与李三才要好，就把两信附在邸报之中，由此议论更为喧哗。乔应甲又上了两疏极力攻击李三才，列举了李三才十贪五奸之事。皇帝都不闻不管。李三才又再三请求辞职，奏疏上了十五道，过了很久不见命令下来，于是就自己卸任走了。皇帝也没有怪罪他。
李三才回乡定居后，恨他的人害怕他再次被启用，因而对其进一步加以构陷，御史刘光复弹劾他盗用皇木二十二万根营建私邸，而且说李三才与于玉立遥相呼应，他想任用的，吏部就为他推举。李三才上疏申辩，请求派遣宦官调查，给事中刘文炳、御史李征仪、工部郎中聂心汤、大理丞王士昌，帮助刘光复攻击李三才，李征仪、聂心汤，都是李三才推举的官吏。这让李三才气愤异常，自己请求登记家产，工部侍郎林如楚说应当派遣使者检验一下，刘光复再次上疏，并说李三才侵夺官厂为自己的园苑，御史刘廷元率部属又接着上奏，且潘汝祯又特地上奏弹劾。不久，巡按御史颜思忠也上疏证实了刘光复所说的。李三才更为愤怒，请求各位大臣一同勘查，又乞求皇帝亲自审问，皇帝于是下诏让李征仪带领给事中吴亮嗣前往调查。
弹劾李三才的刘光复因事被下狱，李三才表面上请求释放他，暗里却极力为东林党人辩白，说：“自从沈一贯伪造妖书，任意杀戮楚王宗族，满朝正直之人将他攻击出朝廷。接着汤宾尹、韩敬考场作弊，咎由自取，与别人何干。现在的党人动不动就与正直的人为仇敌，王士昌、刘光复尤其厉害，挺身而出，极力为沈一贯、韩敬报仇。乱说一气，百般攻击。就贤明的大臣来说，叶向高走了，王象乾、孙玮、王图、许弘纲走了，曹于汴、胡忻、朱吾弼、叶茂才、南企仲、朱国祯等也走了，近来又将陈荐、汪应蛟攻击走了。以贤明的小臣来说，梅之焕、孙振基、段然、吴亮、马孟祯、汤兆京、周起元、史学迁、钱春等走了，李朴、鲍应鳌、丁元荐、庞时雍、吴正志、刘宗周等走了。与他们意见一致的就留下，不一致的就赶走。陛下只知道各大臣离开了，哪里知道都是党人赶走的呢？现在奸人仇视的正直之人，一是东林人，一是淮抚。所谓东林，是顾宪成读书讲学的地方。与他一起的像高攀龙、姜士昌、钱一本、刘元珍、安希范、岳元声、薛敷教，都是些约束自己、有气节的人，有什么辜负国家的地方？偶然被指为东林，便陷入深渊。如邹元标、赵南星等就因为背上此名，晋升的道路就变得非常困难。早上申报晚上被任命的，只有史继偕等人。人才的邪与直，实与国家命运相攸关，希望陛下要看清楚。”李三才的奏疏上奏后，众人更加恨他。吴亮嗣等已经去勘察过李三才家，但并没有得到什么，但却仍以刘光复所陈的事实送呈皇帝，皇帝看后将李三才贬为平民。
辽阳失守，御史房可壮接连上疏请求起用李三才，皇帝下诏让大臣讨论。通政参议吴殿邦极力说不行，把李三才指为盗名欺世的大臣。御史刘廷宣又推荐李三才，说：“国家既然珍惜他的才干，就用他吧。还议论什么呢？然而广宁已有王化贞，不如让他在山海关任职。”皇帝同意他的话，想起用李三才，可是大臣的意见相持不下。詹事公鼐极力认为可用，刑部侍郎邹元标、佥都御史王德完都赞同。不久，王德完迫于众议，又改变了态度，等到安排议定时，邹元标也不敢表态了。议论没有结果，事情就搁置了下来。
李三才被起用为南京户部尚书，还没上任就去世了，享年七十一岁。后来，魏忠贤专权，其帮凶、御史石三畏弹劾李三才，皇帝下诏削掉了他的名册，夺回封诰。崇祯初年，才将他官复原职。