按照《学生管理条例》，每个月有八天的休息时间，在休息的时间里，老师可以根据兴趣开坛讲课。学生不可以缺席所选的课程，缺席时间超过二成，则本次的课程平时分为零。除此之外，条例还对学生在校期间的一些行为做出了规定，比方说，不允许喝酒和打架。这些规定让书院里这些散漫的学生，顿时满腹牢骚，甚至有些人干脆就离开了学校。

“不服管教的人，再有才书院也不推崇，要走就趁早正好腾出地方来招纳新生。”刘牢之对这些人的行为嗤之以鼻。

南山书院的学生毕业后，成绩优秀者可以申请成为学校的助教，也可以在学校的出版社里修书，或者到刘家的子弟学校任教。这些人可以保留学籍，随时出入书院。在这三个地方做事满三年后，便有资格由书院或者刘家推荐入仕。这几年通过刘家出仕的寒门子弟着实不少，这样的条件对于像何穆、高素这样的官宦子弟或许没有什么吸引力，但是对出仕无门的底层读书人，却是非常诱惑的。那些没有出仕门路的寒门读书人，纷纷跑到南山书院里读书，有些学识比较高的人，则直接被安排到了学校的出版社里修书。

书院的这些规章制度的实行，对那些潜心读书的人没什么影响，像虞真的丈夫徐邈，现在留校做了助教，除了协助老师范汪整理儒家经典，以及在书院的出版社修书之外，他也开始开坛授课，在南山书院里，已经小有名气。

不过像何穆这等官宦子弟，出仕不愁，也并非潜心向学的人，对刘牢之如此收紧学校的管理，便不太满意，私下里找过刘牢之好几次，向他多次抱怨。按照刘牢之对在校学生的审查，像何穆这样的人，在书院呆的时间已经不短，被刘牢之划为了“毕业班”，也就是一年之内准许毕业。何穆来书院本来就是为了迎合潮流，结交些朋友，这样一来倒成了很快就要被书院撵走的人了。

“阿舅不要烦恼！从书院里毕业出来之后，可以到书院的出版社里面修书，在那里一样可以增进学问，还可以继续到书院里面听老师们讲课。他日阿舅所修的书发行于天下，阿舅的大名也就被天下读书人所熟知了！”刘牢之只好如此劝解着。这些规矩又不是针对何穆定的，刘牢之自然也不会把他排除在规矩之外。

此时私人修书或者为书做注蔚然成风，范汪之子范宁因为父亲的缘故不为桓温所容，无法正常出仕，干脆在南山书院的出版社里做了“编辑”，带着一帮年轻人修书。范宁和父亲范汪一样推崇儒学，反对魏晋以来占主流的玄学。范宁对春秋深有研究，认为春秋三传各有所短，“左氏艳而富，其失也巫；谷梁婉而清，其失也短；公羊辩而裁，其失也俗。”听说他这段时间正在为《春秋谷梁传》做注。