该寺所在的林山村周围有九座山围成一圈，形如九瓣莲花，寺院就坐落在花心的位置上，因此名为九莲山少林寺，俗称南少林寺。南少林寺在反清复明斗争中与天地会有着千丝万缕的关系，南少林寺武僧所具有的强烈泊疾恶如仇、除暴安良的忠义精神，曾受到民众的推崇。在反清复明斗争中，南少林寺被清兵所焚毁，由于清廷的舆论封锁，这一段悲壮的历史鲜为人知，只是在民间悄悄流传。“寺因武显，武以寺名“，南少林寺是南拳的发祥地，当时此寺习练少林南拳武风极盛，并广泛流传民间。

去过北少林的人知道，嵩山少林寺北靠五乳峰，寺前有条小溪(少溪河)自右向左流过。河对面为少室山，寺右侧有塔林，右前方有“卧佛山“，左前方为九顶莲花寨。林山的林泉院，它背靠祖(朱)山等几个小山头，院前也有一条小溪从右向左流过(现为护寺河)。院右侧有塔群(今为塔里，塔西自然村)，寺院右前方也有一座“卧佛山“(当地叫它为弥勒献图山、石面桶)，寺院左前方有九叶莲花峰。

在林泉院遗址上重建的南少林寺四周山头海拔在600米左右，最高峰为北部的祖山(又称朱山，与明亡后天地会拥戴的反清复明精神领袖朱太子有关)，高642.1米，西部大舞寨600.2米，东部山头尾576.6米，南部斜仑595.5米，紫霄峰559米，南少林寺对面巨岩“石面桶“(卧佛山)576.6米。站在朱山半山腰，可以数得出九个山头恰似莲花，故乾隆莆田县志称为“九莲峰“。

林泉院正处在莲花心上，居九华山脉中段，其附近有九堆天然巨石也形似莲花，俗称“莲花穴“。林泉院的基地有二万多平方米。周围有苦竹寺、霞梧院、九莲岩等大小寺院，环绕着林泉院形成洋洋大观的寺院群，十方丛林的恢宏气势可想而知。

考古队在南少林遗址考察附近的资福寺建筑大多已毁，现存一室，建于光绪二十四年(1898年)，内有一对石刻对联:“云日就瞻祝无最寿，天人欢喜演上乘禅“，为宣统皇帝的老师陈宝琛敬书。北面有一座“红花亭“，系明朝遗臣陆圻、郑郏创建于清顺治三年(1646年)，神案前有石砌莲花图案，亨柱上有“万物总归三尺剑，五云时现七星旗'的楹联，题头暗示天地会的武将万云龙和南少林寺五祖和尚反清复明之举，是天地会反清斗争的聚义厅。

林山村至今保存大量与寺院有关的地名，如院前、院后、院口、塔里、塔西、放生池、练功埕、马槽等，更有与习武有关的姑嫂营、南营、后营、尾营、将军庙、旗杆坪等，单是长226厘米，宽100厘米的刻有“诸罗汉浴煎茶散“字样的僧兵治疗伤病的石槽和7千多亩的茶园遗迹，就足见当年金戈铁马之盛。

九莲山下的小湾存有一块大石，上刻有“僧继言造“。据说这四个字是一个叫继言的和尚用手指刻写的，相传当年有一武林高手扮成游僧来林泉院偷走少林剑谱，继言识破后，在溪边拦截，却不动武，只说要架石替他做桥，说罢背起一块大石架在溪上，用手指写下此四字，然后客气地让路，那假僧一看，自知功力不如，就把包袱放下飞快逃走了。继言和尚以一指禅功扬名，传说他可用一指帮人治病。林泉院附近有一块“一指禅石“，象手一样，食指指向西方，形似南拳标准手势，成为当年照此石启示，练功坐禅的天造之物。

此外，这里相传的“千灵祖师斗山魈建苦竹寺“、“佛光创建霞梧院“、“吉星侍卫“、“五百僧洗反“等故事道出了一处处历史典故。在众多的南少林寺遗址研究中，第一个也是唯一的一个向国家申请探方考古。1990年12月1日至1991年5月25日，经国家文物事业管理局批准，福建省考古队对林泉院约3万平方米遗址进行第一期1325平方米的重点发掘，又出土了大量隋唐至清初的历史珍贵文物，发掘了五个刻有“僧兵“、“诸罗汉浴煎茶散“等文字的北宋石槽，史载只有少林寺才能冠以“僧兵“二字。考古发掘出土了“真觉大师难提之塔、林泉院、天佑“唐代石刻和“长兴四年岁次癸已正月“等字样的南唐陶质鸱尾等珍贵的历史文物。